话说五百年前，紫霞仙子私下凡尘，邂逅妖猴孙悟空，展开了一段凄绝美绝的旷世奇情。不想妖仙之恋为天道所不容，天庭为了维护神仙至高无上的尊严宣布要荡平魔界，而孙悟空因紫霞仙子之死而疯狂，率领群妖对抗天庭。人类为求自保，或投身于两方之一，或自成一伍，一场人、仙、魔三界混战就此拉开帷幕，三界间战火屠天，秩序不复存在。战争终以天界击败孙悟空而终，令其堕入轮回思过。
时至大唐贞观年间。三界大战已平息五百余载，世间重又恢复了安宁与繁荣。当世分为四大部洲，众生善恶不一。东胜神洲居生奇兽灵仙，汲日月精华，敬天地礼法，心爽气平；北俱芦洲为蛮族所踞，多生凶禽猛兽，异常凶险；西牛贺洲多隐仙庭道馆，习阴阳之术，养气潜灵人人固寿；而南瞻部洲独为人世红尘之所，亦为人、魔、仙三族混居之地。
天地间芸芸众生分为人、仙、魔三大种族，各族天赋不同，自有所长。超脱而飘逸的仙族能够掌握天地之灵气，并能将他们转化成为百变神通；从阴暗中走出的魔族崇武好杀，他们也往往拥有超强的战斗力和抵抗力；看似平凡的人类在战火中习得阴阳五行之理，演化为玄妙的法术和武学。并尝试挖掘自己强大的心灵力量，立身于三界之间。三族均各自创立四大门派，以广纳门徒，传授技艺，状大声威。
观音大士观众生相，三界大战之后，心魔肆虐，尘世中人性的莲花已经枯萎。邪恶与欲望逐渐滋长，吞噬了心灵间的良善，将巨大的潜力引入无边的黑暗，而佛主如来处有三藏真经，可以劝人为善，待要送上东土，只怕众生愚昧，毁谤真言，故决定广募与佛有缘之人，遍大义于天下，寻找五个天命取经人。《梦幻西游》的故事由此展开，玩家将在经历一段际遇后得到金莲花，成为有佛缘之人，接受寻找天命取经人，帮助他们拂开尘眼，见性归真的使命。
这五个天命取经人中，有佛祖座下被贬下凡尘的金蝉法师；有调戏嫦娥犯了天条，被打入人间投了猪胎的天蓬元帅；有失手打碎琉璃盏惹怒王母，被罚下人间受苦的卷帘大将；有受冤背屈的神龙之子小白龙；更有五百年前大闹天宫，令各路神仙闻风丧胆的妖猴孙悟空转世。这五人或有凄凉身世，或有无限心结，更或全忘前世因果，变得愚钝不可教化。四海之大，该向何方寻找，该如何劝服他们甘愿苦历千山，远经万水，到佛祖处求取真经，劝化众生，化解千年冤戾。一切都是未知，都等待着玩家的探寻……
