游戏的剧情方面可以说是沿袭了前作，并且与电影版的情节也有关联。而与同名电影相比，它也有一些不同的东西，这包括增加了一些独立的故事情节，比如来自漫画中的一些新的恶势力。即使没有玩过一代的玩家，只要看过电影，也能很清楚地了解大部分游戏角色。
《蜘蛛侠2》的故事剧情将以基于任务的章节体结构加以描述。本作最大的变更就是自由度非常之高。前作主要采用线性任务结构，而本作则采用开放式结构，游戏中的任务结构相当独特，整个城市中到处都是任务触发点。
《蜘蛛侠2》的游戏地图地域跨度相当大。蜘蛛侠可以在广阔的空间里大展身手，众多纽约标志性的建筑都将一一呈现，像是自由女神像、白宫总统府等等。不过更多的时候，蜘蛛侠是在高空俯视地面上流动的车辆和人群，或是借助蜘蛛网在摩天大楼尖自由穿行。
战斗贴近漫画原著，制作小组表示，他们在听取了玩家们对前作的一些批评意见之后，耗费了相当大的精力提高游戏性。游戏中的战斗部分也不再像前作那样只需按攻击键就可以，利用跳跃键和攻击键的结合，玩家可以展现出多种连续技巧。，方式也将更加中式于原著。
此外，制作小组还将重力学和空气动力学的原理运用到游戏当中，从而帮助玩家更有效的进行高空间的跳跃，系统也将自动记录蜘蛛侠布网跳跃的地点，而双级连跳的使用将令玩家达到难以置信的高度。
